De nuevo es necesario ponerse de acuerdo en la definición que se da de Dios. Si se considera que se trata de un súper-hombre sentado en un trono situado en alguna parte del cielo y que se porta con respecto a los hombres como un padre hacia sus hijos, entonces podemos decir que los Rosacruces no creen en Dios. En efecto, esa es una concepción primitiva de la Divinidad..

Desde un punto de vista Rosacruz, Dios es más bien la Inteligencia Universal que pensó, manifestó y animó toda la Creación según leyes inmutables y perfectas. Es lo que se llama tradicionalmente el “Gran Arquitecto del Universo”. Debemos precisar igualmente que los Rosacruces no tienen la pretensión de conocer a Dios, ya que es ininteligible e incognoscible. En cambio, estudian las leyes por las cuales Él se manifiesta en el universo, en la naturaleza y en el hombre mismo, pudiendo ser estas leyes físicas o metafísicas.